1398 wurde Eckwarden von einem Häuptling namens Edo Wummeken regiert. Er paktierte mit Seeräubern. Etwa hundert Jahre später wurde der Graf von Oldenburg alleiniger Herrscher über Butjadingen. Die Grafen von Oldenburg waren wichtige Deichbauer. Sie bemächtigten sich auch der Kirchengüter Roddens und Inte bei Eckwarden.
1745/46 wütete eine fürchterliche Seuche in Butjadingen, der 1680 Kühe, 281 Ochsen und 1137 Stück Jungvieh zum Opfer fielen. Ein weiterer wichtiger Moment in der Geschichte Eckwardens war der Bau von Batterien im Jahre 1810 durch Napoleon Bonaparte. Sie fungierten als Stützpunkte der Kontinentalsperre gegen englische Waren, weil der Schmuggel zu jener Zeit Hochkonjunktur hatte. Mit dem Jade-Vertrag vom 20. Juli 1853 verkaufte Oldenburg Eckwarderhörne an die Krone Preußen. Durch das Groß-Hamburg-Gesetz von 1937 gelangte es wieder in oldenburgische Hände.
1907 wurde mit dem Bau der bekannten Butjenter Bahn begonnen. Zwei Jahre später fuhr der erste Zug von Nordenham nach Eckwarderhörne. Damit begann eine neue Zeit; Eckwarden erlebte einen deutlichen Aufschwung und einen wahren Bauboom. In den Sommermonaten hatte die Butjenter Bahn über 20.000 Fahrgäste.
Der Zweite Weltkrieg zog auch Eckwarden in Mitleidenschaft. 1943 zerstörte ein Bombenangriff Häuser in Eckwarden und in der näheren Umgebung. Tagelang kämpfte die Feuerwehr mit den Schäden des Angriffs; dabei halfen auch die Frauen, weil viele Männer im Krieg waren.
Im Jahr 1933 wurde Eckwarden in die damalige Gemeinde Burhave eingegliedert. Diese wurde im Jahr 1936 amtlich in Butjadingen umbenannt. Als diese Gemeinde im Jahr 1948 aufgelöst wurde, erhielt Eckwarden jedoch nicht seine Selbständigkeit zurück. Seit dem 1. März 1974 gehört es zur neuen Gemeinde Butjadingen.
In Eckwarden lebte der „Bauernpoet“ Hinrich Janssen 40 Jahre.